電子商務應用系統通常包含CA安全認證系統、（ ）、業務應用系統和用戶及終 端系統。

電子商務應用系統由各子系統構成，其中有些子系統(CA安全認證系統、支付網關系統)在電子商務系統中必不可少的，沒有這些子系統就不能稱為完整的電子商務系統。而有些子系統則可以根據企業用戶或個人用戶的需求來建立(業務應用系統、用戶及終端系統)。